制藥行業：冷凍式干燥機在制藥行業中被廣泛應用于藥物的生產，特別是對于熱敏感藥物的干燥過程。該技術能夠在低溫下快速凍結藥物中的水分，并通過真空脫水，避免了傳統干燥方法可能對藥物成分造成的熱損害。
食品行業：冷凍式干燥機在食品行業中的應用也非常廣泛，尤其是在生產高質量的即食食品和保健食品時。冷凍干燥技術能夠保持食品的原有風味、色澤和營養成分，使食品在長期儲存過程中保持較高的品質。
化學行業：化學行業中的許多原材料或產品需要在干燥過程中避免熱損害，冷凍式干燥機便是其理想選擇。對于一些高純度化學品、精細化學品以及催化劑，傳統的干燥方法可能會導致化學反應或物質的性能變化，而冷凍干燥技術則能夠在低溫下進行水分去除，確保物料的穩定性和質量。
生物技術領域：冷凍干燥技術在生物技術領域中的應用同樣具有重要意義。通過將生物樣本中的水分去除，并保持其生物活性，冷凍干燥技術可以有效延長樣本的保存期限，減少冷藏保存的成本。
實驗室：冷凍干燥機也適用于實驗室樣品的凍干試驗，一般以臺式和小型干燥機為主